El laboratorio de geodinámica fue creado en 2016 pero ha trabajado como una unidad desde hace años. Tiene como objetivo principal el analizar la dinámica de los Andes del sur desde las fases de su constitución hasta el presente, utilizando técnicas dispares, desde clásicas a partir de análisis estructurales, interpretación de información sísmica hasta otras más específicas asociadas al estudio geoquímico de las unidades magmáticas, análisis morfométricos, y gravimétricos. Actualmente centra su análisis en el segmento que se desarrolla entre los 34ºS y los 46ºS.